本協會依照組織章程，以會員大會為最高權利機構；會員大會閉會期間，由理事會（理事十一席）代行職權；監事會（監事三席）行使監察權。
行政執行部份本會設總幹事一人、財務長一人，秘書二人承理事長之令處理本會事務，其他工作人員若干人，由理事長提名經理事會通過後聘任之，並報請主管機關備查。
其他如因活動所需臨時置之委員會、小組或內部作業組織，其執行或組織簡則由理事會擬定，報請主管機關核備後實施。
桃園縣肢體傷殘協進會組織架構圖層級說明
第一層級：會員大會
第二層級：
理事會、監事會：決議各項事務及活動、行政事項。
理事長：對內處理會務，對外代表協會，並擔任會員大會、理事會主席。
常務監事：監事日常會務，並擔任監事會主席。
第三層級：總幹事一人、財務長一人，秘書二人承理事長之令處理本會事務，其他工作人員若干人。